Alargamento de visado para ciudadanos de la UE, en la provincia de Madrid (28015)

Hola,

Soy ciudadano portugués y estoy aquí en Madrid con mi esposa brasileña a 55 días. Nosotros hicimos el empadronamiento y yo ya hice asignación de NIE pero no hice el registro de ciudadano de la Unión Europea.
Yo estoy en busca de empleo, pero si hasta el plazo de 90 días no puedo trabajar, tendría alguna manera de alargar el plazo de mi estancia y mi esposa?
No hice el registro del certificado de ciudadano europeo en ese momento, porque yo no tenía como comprobar el valor exigido en la extranjería. Pienso conseguir un empleo en los 3 meses de permiso que tendríamos aquí.
Mi esposa piensa entrar en el NIE después de conseguir el trabajo para no tener que presentar el valor exigido en la Extranjeria.
Si es posible esta ampliación de plazo para nosotros después de los 3 meses, ¿cómo sería el procedimiento y cuánto costaría el servicio de ustedes?
Muchas Gracias,