Tratamiento de una IT (Contrato fijo discontinuo), en la provincia de Barcelona (08019)

Caso: Un trabajador con un contrato fijo discontinuo a tiempo parcial (80%) que trabaja en varios centros de trabajo ,con reducción de jornada los meses de julio de agosto(40%) , en mayo causa baja.
Cuando llega los meses de agosto le descuentan en el concepto COMP ENF EMPRESA (la reducción de horas (230e aprox.).Así durante los meses de julio y agosto.
Yo siempre he tenido conocimiento que se calcula teniendo la base de cotización del mes anterior???. Se calcula la base reguladora y se tiene de referencia para toda la baja médica.

Lo he comentado con la empresa, pero ellos dicen que es correcto el complemento de baja, porque al ser reducción de jornada en esos centros de trabajo, consideramos “correcto” ese descuento en negativo, de lo contrario podría suponer un enriquecimiento fraudulento por parte de una prestación del INSS que intenta compensar el dinero dejado de percibir por estar en situación de enfermedad, dinero que de haber estado trabajando no hubiera percibido.

¿Que criterio se sigue en estos casos?. Es correcto lo que yo pienso o por el contrario estoy equivocada.??