¿que me corresponde tras declaración laboral con la empresa?, en la provincia de Zamora (49600)

Hola buenos dias . Durante el año 2011-2012 estuve en un trabajo de comercial a través de un contrato mercantil. La empresa informo del alta en el IAE pero no la obligación de alta en autónomos. En 2012 se realizo en la empresa una inspección de trabajo donde se reclamaba el alta en régimen general de cada trabajador en la seguridad social . Actualmente se ha celebrado juicio mediante demanda de la tesorería general de la seguridad social y se ha declarado la relación laboral con la misma.
Me gustaría saber si la empresa finalmente al haberse declarado la relación laboral pagara mi alta en la seguridad social, si tengo derecho a algún tipo de indemnización o si puedo reclamar la cantidad de iva que yo pague porque cuando yo cobraba lo hacia mediante facturas.
El acta d juicio salio el día 14 de noviembre.