Procedimiento administrativo., en la provincia de Lleida (25003)

Presento un escrito a la Administración del Estado. Transcurridos tres meses y al no recibir contestación, considero desestimada mi solicitud por silencio administrativo.
Presento recurso de alzada contra la resolución desestimatoria por silencio administrativo.
A la semana de presentar mi recurso de alzada, recibo respuesta de la Administración a mi primer escrito, pues se hace constar en el escrito que es la respuesta a mi primer escrito.
Que validez tiene este escrito presentado después de mi recurso de alzada.
En caso de no dar respuesta a mi recurso de alzada, sería también desestimado el recurso de alzada por silencio administrativo. Con lo que dos silencios administrativos, harían válida mi solicitud inicial.
Pero ahora no sé como interpretar la respuesta a mi primer escrito, contestada por la Administración fuera de plazo.
Saludos, Aurelio.