Pensión de incapacidad permanente absoluta, en la provincia de Barcelona (08030)

Buenos días,
Me han reconocido una incapacidad permanente absoluta con fecha 1 de junio, y tengo entendido que este tipo de pensión no tributa irpf, pero en la carta de resolución pone lo siguiente:
Pensión inicial: 1.239
Primer pago, periodo 01-06-17 a 31-07-17:
Suma de abonos: 2.479
Deducciones: 1.199
Importe líquido: 1.279

A qué se debe esa deducción? De los dos meses sólo voy a cobrar uno? Además, no me corresponde la paga de junio? De momento sólo me han abonado un pago, el 27 de julio.

Por otra parte, a mi empresa le ha llegado la resolución de mi incapacidad y ahora me reclama la nómina de junio que me había abonado, restándole el importe de mis vacaciones no disfrutadas (que vendría a ser el finiquito). Estoy obligada a abonarle ese dinero a la empresa? Entonces representa que uno de los dos meses no lo cobro?
No sé si me he explicado bien. Muchas gracias.