Indemnización Despido, en la provincia de Valladolid (47012)

El día 6 de Septiembre de 2016 he causado baja en la empresa en la que trabajaba desde el 22 de Abril de 2013. Hoy tenía que ir a recoger los papeles y firmar el finiquito pero finalmente me he vuelto a casa sin firmar nada hasta confirmar las diferencias. El motivo de la discrepancia son unos 600€, diferencia que surge de aplicarme la retención de IRPF a la indemnización, cuando tenía entendido que ésta estaba exenta de tributar por IRPF. El caso es que el jefe me ha llamado después de hablar con su asesoría y me ha dicho que estoy en lo cierto, que esos 600€ de diferencia me corresponden pero que él como empresa se ve obligado a practicarme esa retención para que "después no vayan a por él". Me ha dicho que el único modo de cobrar esa cantidad es interponiendo una demanda a la empresa y luego en el acto de conciliación me pagaría esa cantidad sin problemas. No entiendo dónde quiere llegar a parar, pero prácticamente me está animando a que lo haga de esa manera ("es una tontería de trámite" me dice) aunque no me fío nada. No entiendo cómo puede decir que si no aplica esa retención pueden ir contra él, si por ley no se te tiene que aplicar pues no se aplica y ya está.
El tema de interponer la demanda lo descarto, supongo que ya sólo el abogado me saldría más caro y además temo no tener todos los papeles a tiempo para solicitar la prestación por desempleo.