Dudas con una baja por emfermedad, en la provincia de Vizcaya (48010)

El mes pasado tuve que coger la baja por emfermedad por 2 dias .La empresa me solicito los papeles medicos los cuales entregue.

En la nomina de enero la empresa me descuenta 100 euros( sin haber ningun detalle de por que se ha descontado esa cantidad). Hablo con el jefe y me explica lo siguiente:
Acabo de mirar tu nomina y de comentarlo con el gestor.
El IRPF no ha cambiado.
Se trata de la baja. Los 3 primeros días, la seguridad social no los paga. A partir del 4º dia se paga el 60% y apartir del dia 20 el 75%. Esto es en caso de enfermedad.
En caso de accidente cubren el 100%.

Es la ley española de la seguridad social! Lo que si que hacemos como empresa, es apuntar 8 horas de trabajo cada dia de baja en tu hoja de horas.
Significa que a la final es la empresa que lo paga. O en días de fiesta que puedes recuperar o en horas que se pagan (lo que intentamos evitar ahora que tienes un contrato de 40 horas).

Me podias aclarar si es correcto?

gracias de antemeno y un saludo.

xabier